I 1923 købte arkitekten Egil Fischer et stort stykke jord af gårdejer Sigvard Sørensen. Egil Fischers vision var, at der skulle vokse en ny ferieby frem ved Femmøller Strand.
Som det første opførte han en kro på punktet, hvor vejene til Mols, Ebeltoft og ind i Djursland mødtes. Men Molskroen blev aldrig nogen traditionel landevejskro af den grund. Kvaliteten af maden og beliggenheden ved havet betød allerede fra åbningen, at gæster fra hele landet brugte Molskroen som eksklusivt badehotel og spisested.
I 1940 nedbrændte Molskroen til grunden, da der gik ild i bindingsværket under optøning af et vandrør med en gasbrænder. Da man genopførte bygningen var det i samme stil – men nu med dobbelt så meget plads.
I 1950’erne kom Grethe og Georg Christensen til som forpagtere. Inden da havde Georg Christensen arbejdet på bl.a. Hotel d’Angleterre i København, på Hotel Metropole i London og på Hotel Eggerts i Gøteborg. Under Grethe og Georg Christensens ledelse blev Molskroen så berømt for det gastronomiske køkken og den gode vin, at gæsterne kom til fra både ind- og udland.
Molskroen er blevet renoveret mange gange i løbet af årene. Senest i 2013 hvor ejere, ægteparret Vivi og Henrik Frederiksen, har gennemført en omfattende nyrenovering og sidenhen udvidet med Molskroen Strandhotel. De to hoteller drives i dag videre af Henrik Frederiksen.
